1960至1980年间，所有洲际杯决赛都踢两个回合。奇怪的是，一直到1968年，洲际杯冠军是以积分而不是总比分决定胜负；如果积分相同，则进行第三场比赛。该项赛事的第一届冠军是皇家马德里；后来，AC米兰、佩纳罗尔（Penarol）和乌拉圭民族队（Nacional）均曾三夺洲际杯，同是纪录保持者。
曼联首次出现在是项赛事中是在1968年，但他们在粗野的对抗中输给了阿根廷的拉普拉塔大学生队（Estudiantes de La Plata）。南美人在主场1-0胜出，随后又在曼彻斯特打成1-1。1969年，洲际杯开始以总比分决定两回合的胜负。
70年代，由于多家欧洲俱乐部（如阿贾克斯、利物浦和拜仁慕尼黑）抱怨说南美球队踢法过于粗野，这项赛事几乎被取消。其他负面因素还有球场斗殴、腐败传闻和裁判不公等，但赛事最终还是保留了下来。
1980年，日本赞助商丰田公司出面挽救了比赛，它提议每年在东京一场定胜负，并希望借此提升日本人对足球的兴趣。此后，这项赛事越来越受欢迎。
90年代末，曼联再次赢得欧洲冠军杯之后，第二次进入洲际杯决赛。1999年11月，红魔依靠罗伊·基恩的进球，在东京1-0击败巴西的帕尔梅拉斯队（Palmeiras）。